あらゆる感情が「音楽」として流れる美しい国、ハーモニア。

そこは、楽しい時には弾むようなポップスが響き、
悲しい時には優しいバラードが寄り添う、
音と光に満ちた世界だった。

しかし――その平和は、突然破られる。

「世界に音楽など不要。すべてを退屈な『静寂（サイレンス）』に染め上げてやる」

現れたのは、悪の組織「サイレンス」。
彼らは国中の美しいメロディを次々と奪い、
不快な雑音をまき散らす怪物「ノイズ」へと変えてしまった。

音楽を奪われたハーモニアは、またたく間に光を失い、
真っ黒などんよりとした世界へと姿を変えていく。

「このままじゃ、世界中の音が消えちゃうルパ……！」
「みんな、人間界へ逃げるニャ！」

国を守る「音の精霊」である動物の妖精たちは、
最後の希望を胸に、人間たちの住む世界へと飛び立った。

彼らが探すのは、ただひとつ。
何よりも音楽を愛し、純粋で強い心を持つ少女たち。

妖精たちの持つ「野生の力」と、
少女たちの「音楽への熱い想い」が重なるとき、
伝説の戦士・プリキュアが覚醒する！

――さあ、私たちの音楽（メロディ）を取り戻す、最高のセッションを始めよう！