幼いころからパティシエになりたかった女の子、莉子。日々勉強に励んだが、ある日、医者から余命宣告を受ける。果たして莉子の夢は叶えられるのだろうか。

ブリキ博士の推薦で、アズールアイランドという島へ研究をしに行くことになったブラキオとその仲間たち。他の空とは違う、青い空について研究をしていく。研究発表会に向け、頑張っていく。

今までの話は「緑色の孤島　Season1（シーズン1）」をご覧ください。