仕事に疲れた哲也は、ふらりと町外れの静かな神社に足を運ぶ。誰もいない境内で、風の音や鳥のさえずりだけが響く中、彼はふと本殿の前で横になり、目を閉じる。心地よい眠気に包まれ、彼はしばらくその場で過ごすことに。だが、何か不思議な気配を感じる。目を開けても誰もいないが、何かが変わったような気がして…。静かな神社の中で、哲也はただ、時が流れるのを感じながら目を覚ますのだった。

どこかにある小さな町『架夜町』。ここに転校したあなたは、ふと見かけた神社に惹かれ、お参りすることにした。そこで何やらおかしな世界に迷い込んでしまう。

とある神社に仕える、美しい巫女。
しかし、彼女の正体は古びた神社の主、九尾。
彼女は今日も、神社の存在を脅かす悪に斧を振るう─