桜藤学園は、特殊能力を持つ者だけが通える学校。
無能力だった小篠純夏は、両親からもらったネックレスをきっかけに、念願の入学を果たす。新しい学校生活で、心を読む白旗佑夏、遠距離操作の長柄むつこ、記憶を暗記する板本万里佳と出会い、少しずつ友情を育む。能力を使ったユニークな行事や体育祭を通じて、純夏は自分の成長を感じる。新たな学園生活は、友情と成長の物語へと繋がっていく──。

作山亮太は朝風中学校三年生で「二次元研究部」に所属し、アニメの世界に行く方法を日々模索している。
転校生の小野寺紗耶と出会い、彼女もまた二次元への憧れを抱えていることを知り、共に研究に没頭。更に親友の田島航も加わり、友情を深める。果たして、三人は二次元の世界に行けるのか……？