二次創作ガイドラインというのが、その漫画の発行会社とか作者から公開されているかが第1ステップです。

自分は漫画の二次小説ではなく、njsjの二次小説を書いていますが、「二次創作をする上で守らなければならない規約」というのが正式に発表されています。このサイトでは二次創作は本来ならアウトと言う風に厳し目に記載されていますが、ガイドラインによっては緩めで寛大なところもあります。njsjがその1つです。

勿論、風評被害や性的描写は避けるべきですが。良かったら確認してみてください。もしもガイドラインが発表されていないのなら、タグに捏造設定などを付けておくと良いと思います。