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長文かつややグロ描写が含まれるので閉じました。

僕はとりあえずピクルーなどで好みの見た目を作ります。迷ったらランダムでも構いません。
その後、そのキャラの見た目のイメージから一人称や大雑把な性格などを決めて、特徴的なパーツ（表情・服装・傷跡など）の理由を考えます。
うまい具合に何人かできたらそのキャラの過去をリンクさせます。

例えば、「Aというキャラが前髪で目を隠しているのは目を怪我していて現在失明状態にあるから」「Bというキャラがサングラスをしているのはとある人の形見だから」「Cというキャラが糸目なのは見るだけで相手を不幸にする魔眼をもっているから」のような適当な設定でもなんとかなります。この場合全員目に関わる特徴を理由づけしたので、
「A・B・Cは非人道的な研究をしている施設の脱走者で、研究と称してされてきた行為に対して強い復讐心を抱いている。施設の研究者達は“見ること”を重要視した新しい魔法の体系を開発しようとしているため彼らを逃す訳にはいかず、彼らを追っている。」みたいなファンタジー設定を爆誕させられる訳です。
こうなるとAの怪我は研究の過程で抉られた事にしようだとか、Bのサングラスの持ち主は施設で仲が良かったけれど逃げる前に死んでしまった初恋の人にしようだとか、Cは魔眼で誰かを死なせてしまった過去があるから実は研究所で研究を（彼または彼女にとっては罰を）を受け続ける事を心の奥底では望んでいる事にしようだとか色々考えられます。

三分くらいで大雑把に考えたこの流れでも、多分キャラが増えれば増えるだけ世界に厚みが出ます。世界は大きく広く取っておけば後から誕生したキャラクターが馴染みやすいですしおすすめです。