ご質問の内容ですが、まず、どの点をもって「最新話が更新されていない」と判断されたのでしょうか。

「新着」一覧の上位に表示されるのは、新規小説もしくは新規続編が投稿かつ公開されたときです。すでに公開された小説を修正したとしても、新着一覧の上位にのぼることはありません。
　

現在考えられることとしては、その小説が一度は最新話を投稿し、削除してしまった（または非公開にした）、という状況です。

最新話を投稿すると、新着の一番上に掲載されます。
しかし、何らかの事情で最新話を削除してしまった、もしくは非公開にしてしまった場合、また元の新着順に戻るのではなく、そのまま最新投稿順に残ります。
もしかすると、たまたまその状況になった小説を閲覧した、という可能性も考えられます。
　

もう少し詳しい状況を把握したいため、どのような状況を見て「連載小説の最新話が更新されていないにもかかわらず、新規小説の欄に掲載」されていると判断したのか、そして、その他お気づきの点がありましたらお知らせください。

また
「閲覧数が伸びる可能性も高まる」
とのことですが、閲覧数が伸びることで、どういった不都合があるのでしょうか。
そちらも併せてお知らせください。